一般内包车间卫生要求空气：沉降菌/皿小于等于30个，工作台表面：细菌总数小于等于100个/平方厘米，工人手表面：细菌总数小于等于100个/平方厘米，大肠菌群阴性。这样的卫生条件在无人的情况下，很容易就完成，采用紫外线杀菌，臭氧杀菌即可。在实际包装过程中，企业员工的各项卫生因素均会打破此规定，这样就导致了食品在内包车间内产生二次污染。
食品出现菌落总数超标原因除去产品本身在生产工艺中的卫生问题外，还有就是在内包过程中被污染。小型企业对于内包车间的卫生管理缺乏一定的认知，认为内包材比较少，可以用柜子上锁加装臭氧发生器来解决，内包装间与外包装间用传递窗，外包材不可进内包装间来避免细菌感染。这样的做法确实正确，但是缺忽视了其他感染源。
要避免这种二次污染，采用传统的紫外线与臭氧杀菌均不可采用。紫外线杀菌属于静态消毒方式，开启紫外线灯时，全部人员应该离开消毒现场，以免造成人体伤害；臭氧杀菌属于静态消毒方式，高浓度的臭氧可以老化橡胶，使铜片锈蚀，但臭氧作空气消毒时，并非使用纯臭氧，又具有极易分解的特点，况且一般为间断使用，故不易产生对环境设备的损害。用臭氧消毒空气，必须是在人不在的条件下，消毒后至少过30分钟才能进入。
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